Center Zarja upravlja svet zavoda, ki ga sestavlja 5 članov: predstavnik ustanovitelja, dva predstavnika delavcev in dva predstavnika uporabnikov storitev Centra Zarja oziroma zainteresirane javnosti.
Pristojnosti sveta Centra Zarja so:
-s soglasjem
ustanovitelja sprejema statut in spremembe statuta Centra Zarja,
-sprejema splošne akte Centra Zarja,
-na predlog direktorja sprejema dolgoročni program razvoja Centra Zarja ter
spremlja njegovo izvajanje,
-na predlog direktorja sprejema letni program dela in sprejema letno
poročilo o delu,
-na predlog direktorja sprejema letni finančni načrt in zaključni račun,
-ustanovitelju predlaga spremembo ali razširitev dejavnosti,
-imenuje in razrešuje predsednika sveta,
-odloča o ugovorih in zahtevah delavcev in uporabnikov Centra Zarja glede
pravic, obveznosti in odgovornosti v razmerju do Centra Zarja,
-ustanovitelju in direktorju daje predloge in mnenja o posameznih vprašanjih
v zvezi z upravljanjem,
-odloča o drugih zahtevah, določenih z zakonom, aktom o ustanovitvi,
statutom ali drugimi akti Centra Zarja.